一般根据特殊面容、异常体征、智力低下可做出诊断，但上述特征并非是先天愚型患儿所特有的，进一步确定诊断需要做染色体检查。Hall（1964）提出在以下10个体征中具有6个以上时即可诊断：

①拥抱反射消失（阳性率为85％）；

②肌张力低（阳性率为80％）；

③面部扁平（阳性率为90％）；

④眼裂上斜（阳性率为80％）；

⑤耳发育不良（阳性率为60％）；

⑥颈后皮肤增厚（阳性率为80％）；

⑦通贯掌（阳性率为45％）；

⑧关节活动过度（阳性率为80％）；

⑨骨盆发育不良（阳性率为70％）；

⑩小指中指骨发育不良（阳性率为60％）。另外，产前诊断可以通过测母体甲胎蛋白、非结合雌三醇、绒毛膜促性腺激素，并结合母亲妊娠时间进行筛查，可筛查出61％的先天愚型胎儿的妊娠。近年来发现，母血中尿素抗嗜中性白细胞碱性磷酸酶活性增高，其阳性率为79％。确切的诊断需羊水穿刺进行细胞遗传学检查。